De sage van Schone Rebecca is mooi, maar in werkelijkheid dankt Schoonebeek haar naam aan de schone op zandgrond stromende beek: het Schoonebeker Diep dus. Deze beek viel op in het veenland met zijn zwarte watertjes en meren. Schoonebeek is tussen 1300 en 1333 gesticht als veenontginningsdorp en is samen met Roswinkel en Ruinerwold een van de oudste randveenontginningen van Drenthe.
Schoonebeek is ontstaan in het begin van de 13e-eeuw als randveenontginning. De eerste bewoners zijn waarschijnlijk Fries-Groningse kolonisten en zij komen van het gebied ten westen van de Dollard. Van de bisschop van Utrecht, die wereldlijk en kerkelijk heerser is over het Landschap Drenthe, hebben ze toestemming gekregen zich in Schoonebeeker gebied te vestigen. Ze krijgen de beschikking over een deel van de marke van Noord- en Zuidbarge en zo ontstaat de Schoonebeeker marke. Nadat de eerste eenvoudige boerderijen zijn gebouwd wordt al snel een eenvoudig kerkje geplaatst, dat als patroonheilige Sint-Nicolaas krijgt. In die tijd is Drenthe nog katholiek. Hoe dat kerkje er uitziet weten we niet, maar het zal dezelfde constructie als een boerderij zijn. Een geraamte van eenvoudige gebinten, een dakbedekking die op een sporendak rust en de wanden bestaan uit met leem bestreken twijgen